Организационная структура АО «ФПК» включает в себя аппарат управления, 10 центров, 10 региональных филиалов, а также шесть дочерних и зависимых обществ. В состав филиалов входят 23 пассажирских вагонных депо, 36 вагонных участков, 10 железнодорожных агентств, Центр организации перевозок транспортных средств.